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黄热病的病理变化乃病毒聚集于各器官组织，并在其中复制增殖所引起。肝病变主要见于小叶中间带，肝细胞呈浊肿、点状凝固性坏死及嗜酸性透明变性，形成具相当特征性的康氏小体(Councilman bodies);严重肝病变可导致深度黄疸、各处出血、低血糖等。肾病变轻重不一;见于近曲小管，小管上皮浊肿、脱落或坏死，管腔充塞颗粒样碎屑;肾功能减退和尿毒症乃血容量减少、肾小管坏死等所引起。心肌有广泛退行性变和脂肪浸润，偶有灶性出血，病变常累及窦房结和希氏束;临床上可出现心率减慢、心律失常、低血压、心力衰竭等。脑部偶见水肿及灶性出血，系继发于脑组织缺氧和乳酸血症等代谢改变，而非病毒直接侵犯所致。各脏器组织元炎症细胞浸润，此乃黄热病的特征之一。出血倾向与血小板减少、血小板功能异常和凝血因子减少有关。
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