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在胚胎期第三周，消化器官原基(“前肠”)在鳃弓部位出芽形成甲状腺细胞。甲状腺细胞向下成为一团细胞，其与舌相连的狭管叫甲状腺舌管。甲状腺舌管(Ductus thyroglossus)后来会闭合，甲状腺因此就断开了与前肠的连接。偶然也会发生闭合不完全，这会导致甲状腺舌管囊肿。
在哺乳动物中，第五咽囊的细胞会移入甲状腺，成为后来的C细胞。而它们在其他的脊椎动物则还会形成一个器官-后鳃体。在很多哺乳类动物种属里，内皮小体(Glandula parathyroidea interna，是其中一个甲状旁腺)也算作甲状腺的一部分。而在人类，它则作为下甲状旁腺(Glandula parathyroidea inferior)位于甲状腺下极。
在尾索动物(Tunicata)和 头索动物(Acrania)的内柱被视为脊索动物甲状腺的同源器官。内柱是一位于鳃裂，充满腺体的结构，它会分泌含碘的粘性物质。
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