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新生儿钙的平衡主要依靠甲状旁腺和降钙素的调节，如新生儿调节功能不正常，或胎儿贮钙不足或出生后磷进入量过多都可引起新生儿低钙血症，具体的新生儿低钙血症的病因如下：
1.早期新生儿低钙血症发生在新生儿出生后两天内，这种新生儿低钙血症多由于暂时性甲状旁腺功能抑制所致，因在妊娠后期孕母血中的钙经胎盘主动输入胎儿的量增加，抑制了甲状旁腺功能，低出生体重儿，窒息和患呼吸窘迫综合征的新生儿甲状旁腺功能比足月正常新生儿差，钙的贮存量又少，发病率较高。
2.晚期新生儿低钙血症发生在出生三天以后，发病高峰在第一周末，多见于牛乳喂养的新生儿，因磷摄入量过多，使血钙降低发病。
3.少数先天性甲状旁腺功能不全引起的新生儿低钙血症，发病可早可晚，症状持续较久，达三周以上，但大部份新生儿低钙血症患儿随年龄的增长甲状旁腺功能的发育仍可赶上正常婴儿，故仍属暂时性。
4.偶见孕母患甲状旁腺功能亢进或患腺瘤，新生儿可无症状，但血钙已高，严重抑制了胎儿新生儿的甲状旁腺功能，导致出生后出现持久性低钙血症。
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