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小儿肥胖的病因是由遗传和环境因素共同作用而产生的，遗传因素所起的作用很小，环境因素起着重要作用。环境因素中家庭生活方式和个人行为模式是主要的危险因素。
1.遗传与环境因素
肥胖者有一定的家族倾向，肥胖小儿的父母往往显示肥胖症状，大约有1/3左右的人与父母肥胖有关。如果父母两人都超过正常体重，子代中2/3出现肥胖。此外，有遗传倾向的疾病亦常见肥胖症状，如肝糖原累积症等。
2.多食
小儿自幼养成多食，能量摄入过多，消耗减少，特别是习惯于摄取油腻食物，日久即可发生肥胖现象。
（1）不合理喂养：如过早添加固体食物（生后1～2个月）和断奶过早，是婴幼儿期促成单纯肥胖症产生的一种喂养模式。近年来，儿童肥胖发生率的增高趋势与父母给予健康搜索的不合理饮食及营养摄入过多有很大关系。主食量、肉食量高，水果、蔬菜量低等。
（2）食欲亢进：食欲亢进，进食过快是肥胖儿童的一个摄食特征。
3.少动
小儿缺乏适宜的体育锻炼加上多食的因素，活动减少及摄入与排出的不平衡，更容易形成肥胖。肥胖的小儿往往不喜欢活动，愈不活动则愈胖，形成恶性循环。
4.脂肪细胞数目的增多与肥大
在脂肪组织细胞的增殖和细胞扩大的关键时期（孕后期、产后早期和青春期）不良的生活方式、行为特征作为危险因素促成了单纯肥胖症的形成孕期头3个月细胞水平营养不良，孕期后3个月营养过量、孕期体重增重过大、过速。是子代生后肥胖的孕期危险因素。
脂肪细胞数目的逐渐增多与年龄增长及脂肪堆积程度有关，从小儿时期开始肥胖的人，成年后仍肥胖则体内脂肪细胞的数目明显增多；而缓慢持续的肥胖，则既有脂肪细胞的肥大又有脂肪细胞的增多，一个肥胖人健康搜索的全身脂肪细胞可比正常人的脂肪细胞增加3倍以上。
5.溺爱
家长的动机因素对肥胖儿童超量喂养起着重要作用。我国传统的重男轻女的社会习俗和某些传统的文化观念是造成男童中重度肥胖检出率高的一个不可低估的动机因素。
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