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纤维胃、十二指肠镜、胃镜是临床上应用最广泛的内窥镜。金属硬管式结肠镜又称乙状结肠镜，常用于乙状结肠和直肠病变的检查，或采标本送病理或病原体检查。检查前病人需行清洁灌肠，在膝肘位进行检查。纤维结肠镜外形与纤维胃镜相同，有长、中、短3种规格。
呼吸系统所用的内窥镜包括支气管镜、胸腔镜和纵隔镜。金属硬管式气管镜只用于小儿气管异物的取除。广泛应用的纤维支气管镜外形与纤维胃镜相似，但镜身细短。
除严重的心肺功能不全者外，大部分人均可做此项检查，是用于支气管、肺、胸膜疾病的诊断和治疗较简便安全的方法。对肺癌诊断的阳性率较高。
对肺结核尤其是支气管内膜结核诊断的阳性率更高。也可用于抢救危重病人。胸腔镜用来诊断胸腔和肺部疾患。将内窥镜置入泌尿系统(膀胱、输尿管、肾盂)，可对泌尿系统疾病进行诊断和治疗。宫腔镜为金属硬管式，受检者排空膀胱后取截石位，不需麻醉，精神紧张者可于术前肌注镇静药。
腹腔镜多为金属硬管式，必须在无菌条件下使用，以免引起腹腔感染。眼底镜又称检眼镜，除直接观察视神经、视网膜等病变外，还可通过眼底血管的变化判定高血压、动脉硬化的程度，以及根据视神经乳头水肿情况判断脑水肿状况。
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