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从结肠的某一部位（极少数从回肠或空肠）起到直肠末端的肠壁内，位于肌层的神经丛和黏膜下神经丛内，正常可见到的神经节细胞完全缺如，这是此病的基因病变，因此先天性巨结肠又称为“无神经节细胞症”。此外，在这些神经丛内，无髓性的副交感神经纤维无论在数量上和粗细上都较正常为多和大，紧密交织成束，代替了正常的神经丛。扩张段的镜下检查可见肌层肥厚，黏膜常呈卡他性炎症，有时有小的溃疡，但肌间神经丛内神经节细胞存在，一如正常，副交感神经纤维在数量和形态上均无变化。
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