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中肾囊肿内壁衬以无纤毛的立方形或低柱状上皮，有一层清楚的基膜，偶然可见到腔内为鳞状上皮。副中肾囊肿有两种类型，即宫颈管上皮与输卵管上皮。宫颈管上皮有分泌黏液的高柱状上皮，核位于底部，有清晰的细胞质，有时称之为栅状细胞（picketcells）。输卵管上皮主要的特点是内衬以不规则的柱状上皮，有的有纤毛，有的无纤毛，核较大，基膜不清。
中肾和副中肾囊肿除了其上皮细胞的形态有所不同外，还有其外围有否平滑肌纤维也是一个区别，中肾囊肿上皮外侧有平滑肌纤维而副中肾囊肿往往没有。最可靠的方法是用PAS染色鉴别，中肾囊肿不含黏液，PAS阴性，而副中肾囊肿则阳性。
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