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引起小儿腹泻的病原种类很多，根据全国各地资料报道我国感染性腹泻病的主要病原为致泻性大肠杆菌、志贺氏菌、空肠弯曲菌、沙门氏菌、轮状病毒，仍以细菌性病原为主（城市57.6%，农村占64.9%）
细菌
1.致泻性大肠杆菌：包括致病性大肠杆菌（EPEC）、产毒型大肠杆菌（ETEC）、侵袭型大肠杆菌（ELEC）、出血性大肠杆菌（EHEC）和粘附性大肠杆菌（EAEC）。
2.空肠弯曲菌：人类腹泻中约有3-4%由此菌引起，健康人带菌约1%，空肠弯曲菌肠炎好发于5岁以下儿童。
3.鼠伤寒沙门氏菌：是感染性腹泻病的重要病原，近年来呈广泛流行，传染性强，症状严重，治疗困难，病死率高。
（二）病毒：60年代初期，我国就有“秋季腹泻”流行，均认为系病毒引起，实际上当时把病因不明的腹泻均认为病毒性腹泻。由于经济和卫生状况的改善和防治工作的不断提高，病毒性腹泻所占比例会越来越大。
1.轮状病毒：1973年澳大利亚学者Bishop在电镜下于急性腹泻患儿十二脂肠粘膜活检标本中，发现上皮细胞内存在大量球形病毒颗粒，根据其类似车轮状形态，1975年命名为“轮状病毒”（Rota Virus），该病毒是引起婴幼儿腹泻的主要病原之一，估计全世界40%的感染性腹泻病多由轮状病毒所引起，因其多发生在秋冬寒冷季节，故亦称秋季腹泻。
2.诺沃克（Norwalk）病毒：是成人与年长儿流行性非细菌性肠炎的主要病因。
3.肠腺病毒：可引起腹泻，正常人粪便中约5%亦能检测出该病毒，对于其在腹泻中的致病作用尚有争议。
（三）其它：由于检测技术的提高，隐孢子虫感染的报道日渐增多，它是迁延性腹泻病的主要病原之一。白色念珠菌是真菌性肠炎的主要病原体，多发生于营养不良及长时期应用抗生素的患儿，腹泻易呈迁延性。
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