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1．先天性发育异常：胚胎期肠道正常发育过程中有多个憩室样芽出现，逐渐退化消失；若某个憩室样芽残留，并脱离消化管存留于系膜两叶间，逐渐长大形成肠系膜囊肿。囊肿大小不一，多见于小肠系膜，常与肠腔不通。浆液性囊肿多发生于横结肠和乙状结肠系膜，囊内为黄色透明浆液，并发出血或感染时为暗红色或脓性液。
2．淋巴管瘤：多发生在小肠系膜根部，其次是乙状结肠系膜根部。引起淋巴管瘤的原因可能为淋巴管发育异常，导致淋巴管梗阻、扩张或移位而形成。肿瘤有无数扩张的淋巴管组成，囊壁为淋巴管单层内皮细胞和纤维结缔组织构成。
3．外伤性囊肿：肠系膜钝挫伤使肠系膜两叶分离，淋巴液潴留，形成囊肿。此类囊肿为单房性，囊壁为增生的纤维组织，无内皮细胞覆盖。
4．寄生虫性囊肿：由肝包虫囊肿破例，其头节或子囊播散与腹膜腔形成。
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