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本病需与其他原因引起的腹泻相鉴别，如细菌性腹泻，阿米巴肠病等。
肠阿米巴病不应忽视，因阿米巴病缺乏特殊的临床表现。该病起病较慢，中毒症状较轻，容易反复发作，肠道症状或痢疾样腹泻轻重不等故对肠道紊乱或痢疾样腹泻而病因尚未明确，或经磺胺药、抗生素治疗无效应疑为本病
确诊前做粪便检查有活滋养体检查法和包囊检查法。
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