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叶绿体中的液体被称为基质（Stroma）――和细菌的细胞质相对应，尽管叶绿体的蛋白质大多由细胞核的遗传信息编码而成，基质中仍含有小的环状脱氧核糖核酸（DNA）和核糖体。叶绿体内含有堆叠的扁平状的颗粒类囊体（Thylakoids）和其延伸部分-基质类囊体，内囊体有内腔。光合作用在类囊体的表面和基质中进行。
叶绿体和叶绿体内膜的光合作用蛋白质结合在一起。叶绿素的存在是叶绿体呈现绿色的原因。藻类的叶绿体也有可能是金色，棕色或红色，这显示了叶绿体膜和类囊体的多样性。 拓展：2013年医学考试辅导班次+优惠套餐
