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HIV基因组有2条相同的正链RNA长约9.7kb，在基因组的5端和3端均有一段相同的核苷酸序列，称长末端重复序列(LTR)，HIV的主要基因结构和组合形式与其他反转录病毒相同，但因它有较多的调节基因，所以HIV较其他反转录病毒更复杂，LTR中间含3个结构基因，3个调节基因及数个辅助基因。 $lesson$
为最大限度利用有限的基因，HIW-I基因编码区有很多重叠，尤其在基因组3端。其部分基因如tat和rev是不连续的，被插入的内含子分隔成2个外显子.
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