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MHC 由Ⅰ类、Ⅱ类和Ⅲ类基因组成，具有多基因特性。
1. 经典的 MHCⅠ类和Ⅱ类基因
经典的 HLAⅠ类基因(HLAⅠa 基因)包括 A、B、C 三个基因座位;经典的 HLA
Ⅱ类基因包括 DP、DQ 和 DR 三个亚区。
2. 免疫功能相关基因
(1)HLA Ⅲ类基因 编码补体成份。
(2)抗原加工、提呈相关基因(位于 HLA II 类基因区)
a. LMP 基因
b. TAP 基因
c. HLA-DM 基因
d. HLA-DO 基因
e. TAP 相关蛋白基因
3. 非经典Ⅰ类基因(HLA I b 基因)
(1)HLA-E 基因
(2)HLA-G 基因
4. 炎症相关基因(位于 HLA Ⅲ类基因区)
(1)TNF 基因
(2)转录调节基因
(3)MHCⅠ类相关基因(MIC)
(4)HSP 基因