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外毒素毒性很强。最强的肉毒毒素1毫克纯品能杀死2亿只小鼠，其毒性比化学毒剂氰化钾还要大1万倍。不同病原菌产生的外毒素，对机体的组织器官具有选择性(医学上称为亲嗜性)，引起特殊的病理变化。例如肉毒梭菌产生的肉毒毒素，能阻断神经末梢释放的起传递信息作用的乙酰胆碱，使眼肌、咽肌等麻痹，引起眼睑下垂、复视、吞咽困难等，严重的可因呼吸肌麻痹不能呼吸而死亡。又如白喉棒状杆菌产生的白喉毒素，特别喜欢结合在外周神经末梢、心肌等处，使那些容易受感染的细胞中蛋白质的合成受到影响，从而导致外周神经麻痹和心肌炎等。
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