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1.非细胞型微生物：形体最小，以纳米(nm)为测量单位，结构最为简单，仅含有一种核酸RNA或DNA，具有严格胞内寄生性，仅在活的易感细胞中才能复制，且易变异的最低等生物体，如病毒。
2.原核细胞型微生物：为单细胞微生物，大小以微米(μm)为测量单位，其细胞分化不完善，无完整细胞核、核膜及核仁，核质(或称拟核)由胞质内聚积的双链螺旋结构DNA和RNA构成，胞质内有核糖体，但缺少内质网、线粒体等细胞器。此类微生物包括细菌、支原体、衣原体、立克次氏体、螺旋体和放线菌等6类。
3.真核细胞型微生物(真菌)：为多细胞或单细胞微生物，其细胞分化完善，有细胞核和各种细胞器，故易在体外生长繁殖。
