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为确保人民用药安全，上海食药部门努力推进执业药师制度的实施，目前全市每个药品零售商店都配备了由执业药师担任负责人的药品质量管理人和在医保定点药店实施首席药师制度，实现了“全覆盖”。
执业药师制度是我国改革开放后实施的专业技术人员职业准入制度之一，目的是为了加强对药学技术人员准入控制，确保药品质量，保障人民用药安全有效。但从药品经营企业来说，有相当部分往往从降低经营成本的目的出发，缺乏配备执业药师的自觉性，有的企业负责人甚至认为没有必要配备执业药师，从而使执业药师制度的实施遇到了阻力。
上海市药品监督管理局于2004年3月在全国率先发布了推进执业药师配备的规范性文件，不断推进药店配备执业药师。文件规定“大型(含开架式)药店应当至少配备4名执业药师、6名从业药师或具有药师以上专业技术职称的药学专业技术人员和10名具有药士以上专业技术职称或中专以上药学专业学历的人员;一般药店应当至少配备1名执业药师、1名从业药师”;“药店(含零售连锁总部)质量负责人应当具有一年以上直接从事药品经营质量管理工作经历、且必须是执业药师”。这项政策极大地提高了药品零售商店准入的技术门槛。
到今年初，上海市执业药师总数达到9743人，注册的执业药师达到5381人，注册率为55%，其中注册在药品零售企业的有4618人。
针对一些企业出于降低经营成本的需要，仅把配备执业药师作为进入市场的“敲门砖”，日常却不安排执业药师在岗执业的行为，上海食药监部门表示，已把检查执业药师是否在岗作为日常监督检查的一项任务。当发现有的药店未安排执业药师在岗执业，就约谈药店或药品零售连锁公司的负责人问责，责成他们纠正，解决好执业药师“虚设”的问题。
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