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类比方法是在两个对象属性相同时，据已知事物来推断未知事物的方法。《内经》中脏腑功能的理论就是用类比方法建构的。这种取类比象方法，在《素问?征四时论》中称之为“类推”。对一些事物或事件进行分类的方法在中医学中也较为常用，《内经》称此法为“从其类序”或“比类”。例如《神农本草经》用上、中、下“三品”分类药物，五行学说把诸多事物分成五大类。《内经》非常重视类比和比类的作用，认为这是提高理论水平的重要方法，如《素问?示从容论》所言：“援物比类，化之冥冥。”
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