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阿奇霉素对胃酸稳定，虽然口服生物利用度仅37%，单次服用0.5g后2～3h血药峰浓度约0.4μg/ml，但组织分布好，蛋白结合率低(7%～23%)，消除半减期12～14h，服药后12～30h在前列腺、扁桃体、肺组织、胃组织、女性生殖器组织中的浓度分别达2.6μg/g、4.5μg/g、3.6μg/g、6.1μg/g和2.7～3.5μg/g.50%以上的药物以原形由胆汁排泄，部分为去甲基的代谢产物。药物在组织中滞留时间较长，释放缓慢，单剂服药后14日，仍可在尿中测得原形药物。1周内经尿排泄率低于6%，肾清除率为1.67～3.156ml/s.
阿奇霉素在组织中的浓度明显高于血药浓度的原因主要由于药物通过中性粒细胞与吞噬细胞主动由局部组织移至上述细胞内。
在感染部位储存药物的中性粒细胞受细菌刺激释放药物而起抗菌作用。