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国家医药管理总局的成立
1978年，国务院在总结我国医药管理经验教训的基础上，批转了卫生部《关于建议成立国家医药管理总局的报告》，正式成立了国家医药管理总局，由卫生部代管。将原分属于化工、商业、卫生三个部门有关中、西药品，医疗器械的生产、供应等的管理职能及机构人员划归了国家医药管理总局。国家医药管理总局是全国医药行业的主管部门，负责中、西药品的生产经营管理。
1982年，国家医药管理总局改名为国家医药管理局，由卫生部代管改为国家经委领导。1988年，国家医药管理局改为国务院直属局;1994年，又改为国家经贸委管理的国家局。
自国家医药管理总局成立后，各省、自治区、直辖市也相应地组建了省级医药管理局，负责辖区内的医药行业管理工作。
国家中医药管理局的成立
《药品管理法》规定，国家发展现代药和传统药。为了加强对传统药的管理，1988年，根据中华人民共和国国务院批准成立了国家中医药管理局，由卫生部归口管理，将中药(包括中药材、中药饮片、中成药)生产经营行业管理的职能从国家医药管理局划归国家中医药管理局。
国家经贸委医药司的成立
1998年，根据国务院机构调整的部署，国家对药品行业管理的职能进行了调整，在国家经济贸易委员会下设医药司，履行政府对医药行业管理的职能。将原国家医药管理局、国家中医药管理局、国内贸易部药品生产经营行业管理的职能移交给国家经贸委医药司。
除中央部委设立专门机构进行药品的行业管理外，在省、地(市)、县经济贸易委员会下也设立了医药管理办公室，负责辖区内医药行业的管理工作。
国家经贸委医药司的职能
国家经贸委医药司的主要职能是：贯彻、执行国家有关法律、法规，对所辖行业、企业生产经营方面进行经济管理，对医药行业经济运行进行宏观调控。根据国家产业政策，制定医药行业发展战略、长远规划，制定行业或企业的产品升级换代规划、计划;指导企业按国家或市场需求调整产品结构，推进技术进步，提高企业产品在国内外市场中的竞争能力;负责医药行业的统计、信息工作;负责药品、药械储备及灾情、疫情、军需、战备药品及药械的紧急调度工作;组织实施中药，生化制药的行业管理。
国家经贸委医药司的机构设置与职能分工
1.国家经贸委医药司的机构设置 综合处(企、事业改革处)、规划发展处、行业管理处、医药信息统计处。
2.各处的职能
⑴ 综合处(企、事业改革处)的职能 ①研究制定医药企业改革的政策措施;②推进国有企业改革，建立现代企业制度;③指导国有企业扭亏、解困、减员增效和实施再就业工程;④推进直属事业单位改革，使其在3年内走向社会、进入市场、减少补贴、减员增效;⑤负责医药行业开办外商投资企业的审查工作;⑥负责医药行业专项资金的管理;⑦负责组织制定药品、医疗器械储备计划和储备品种目录;⑧负责灾情、疫情、军需、战备药品及器械的紧急调度;⑨负责中央级国家医药储备资金的监督管理工作，指导省级医药储备工作;⑩负责新闻宣传工作;负责司内业务综合工作及人事工作。
⑵ 规划发展处的职能 ①研究制定医药行业发展战略、行业中长期规划和经济技术政策;②实施"科教兴药"战略，制定行业科技发展规划;③促进技术创新、技术进步和结构调整，指导产、学、研结合，引导资源合理配置;④对开办生产、经营企业和重要的仿制产品定点进行备案审查;⑤负责制定医药行业利用外资政策并适时进行调整;⑥配合有关部门做好医药行业投资项目、对外交流、经济技术合作及政策、法规的专业把关和协调工作。
⑶ 行业管理处的职能 ①汇集、分析医药行业生产、经营动态，发布医药行业经济技术和市场信息，负责组织制定行业管理规章;②培育发展和完善医药市场体系，协调工商企业生产经营重大问题，指导各种经济成分的医药商品流通活动，维护行业公平竞争秩序;③指导中药材生产;④负责编制重要医药商品(毒麻药品、精神药品、麝香、甘草等)的产销计划并进行监控;⑤协调重要医药商品的进出口工作;⑥负责全国性药品、医疗器械交易会的管理;⑦负责医药设计行业管理工作;⑧负责医药行业管理人员培训工作;⑨负责联系各医药行业协会。
⑷ 医药信息统计处的职能 ①负责医药行业各专业统计工作;②制定或适时修订各专业统计制度并组织实施;③负责医药行业经济技术统计信息的汇总、分析工作;④制定医药行业信息化建设的规划方案并组织落实;⑤指导行业信息网络建设，负责医药行业。