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旋光性
大多数生物碱的分子结构中含有手性碳原子且结构不对称，因而具有旋光性，且多呈左旋。
生物碱的旋光性受溶剂及pH、浓度等的影响。如麻黄碱在水中呈右旋，而在乙醇、氯仿及苯中则呈左旋。有的生物碱的旋光性可因外消旋化而消失，如洋金花中的莨菪碱外消旋后成消旋的莨菪碱(阿托品)。
生物碱的生理活性与其旋光性密切相关，一般左旋体的生理活性显著，右旋体的活性弱或无活性。如l-莨菪碱的散瞳作用比d-莨菪碱大100倍，去甲乌药碱仅l-体具强心作用。但也有少数生物碱右旋体的生物活性较左旋体强，如d-古柯碱的局部麻醉作用强于l-古柯碱。
(1)D，L构型
主要应用于糖类及有关化合物，以甘油醛为标准，规定右旋构型为D，左旋构型为L凡分子中离羰基最远的手性碳原子的构型与D-(+)-甘油醛相同的糖称D型;反之属L型例如：
氨基酸习惯上也用DL标记除甘氨酸无旋光性外，氨基酸碳原子的构型都是L型。
其余化合物可以通过化学转变的方法，与标准物质相联系确定。
(2)R，S构型
含一个手性碳原子化合物Cabcd命名时，先将手性碳原子上所连四个原子或基团按次序规则由大到小排列(比如a>b>c>d)，然后将最小的d放在远离观察者方向，其余三个基团指向观察者，则abc顺时针为R，逆时针为S;如d指向观察者，则顺时针为S，逆时针为R在实际使用中，最常用的表示式是Fischer投影式，例如：
称为(R)-2-氯丁烷因为Cl>C2H5>CH3>H，最小基团H在C原子上下(表示向后)，处于远离观察者的方向，故命名法规定ClC2H5CH3顺时针为R又如：
命名为(2R3R)-(+)- 酒石酸，因为C2的H在C原子左右(表示向前)，处于指向观察者的方向，故按命名法规定，虽然逆时针，C2为RC3与C2亦类似。
R、S构型标记法
R拉丁字Rectus(右);S拉丁字Sinister(左)。
R、S标记法是根据手性碳原子上所连的四个原子或原子团在空间的排列方式来标记的。R、S构型是绝对构型。
其步骤为：
①按照大小次序规则，确定大小次序;
②将最小的原子或原子团置于距观察者最远处;
③观察其余三个原子或原子团由大到小的排列方式。
顺时针R;逆时针S。