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药师执业资格制度与专业技术职务聘任制，从广义上讲都是人才评价，执业资格制度是职称工作的发展和延伸、两者的区别主要是：
(1)执业资格是从岗位人手确定的评价标准，是一个层次的评价，不搞多层次评价。职称是按照工资结构层次进行的多层评价，如药师是按主任药师、副主任药师、主管药师、药师来分的工资档次。
(2)执业资格是对关键岗位的要求，应有鲜明的岗位属性，如药师中搞配方、核方的都是关键岗位，没有签字就不能生产和发售。
(3)执业资格是采取考试的办法进行确定，这是国际上的中大 网校通用做法。而职称是通过考核或评审的办法取得。
(4)执业资格一般具有国际可比性，而我国现行职称许多是不考虑国际可比性的，是结合我国工资制度设置的评价制度。
(5)对执业资格实行注册管理，是一种动态的长期的管理，考试后要注册，不注册，则资格失效。而职称不需要注册，实行考核，考核不合格的要低聘或解聘。