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鉴定动物类中药，要具有动物学的分类和解剖的基础知识。其方法与植物药一样，对于药材是完整的动物体，可根据其形态特征，进行动物分类学鉴定，确定其品种，如蜈蚣、土鳖虫、金钱白花蛇等;对于药材是动物体的某一部分，如羚羊角、龟甲、骨类(豹骨、猴骨等)和贝壳类(石决明、牡蛎等)药材等，鉴定时主要靠性状鉴定以辨别真伪优劣，必要时可进行显微磨片观察;对去皮蛇类药材可进行脊椎骨或鳞片的形态和组织切片观察;对海狗肾类药材，除一般形状鉴定外，还可采用X光拍片，观察阴茎骨的形状和大小加以鉴别;对有些采自动物体的分泌物和生理、病理产物的药材，如麝香、牛黄、蟾酥等，除一般性状鉴定外，主要靠显微和理化分析，以防伪充或掺假。鉴定牛黄除用传统经验鉴别方法外，还要用显微观察或红外光谱等来考察纯度防止掺伪，同时要做主要成分胆酸、胆红素的定性定量分析;对有的动物产物，如蜂蜡、虫白蜡等，还应测定其熔点、溶解度或酸值、皂化值等以控制药材的质量。
值得指出，动物类药材的主要成分不同于植物类药材，含有大量的蛋白质及其水解产物，主要包括氨基酸、动物肽毒、酶及糖蛋白等，许多都是动物药的主要有效成分。现已有大量报道，利用它们含蛋白质、氨基酸的组成和性质的不同，用聚丙烯酰胺凝胶蛋白电泳法可成功的把动物药材与类似品、伪品区别开来。如阿胶的鉴别，不但可用上法进行，采用蛋白质等电点检测法或蛋白质运动粘度法进行鉴别也均获得成功。