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中药的种类繁多，采用科学的方法进行分类，有利于对中药的学习、研究、生产和应用。
(一)中药材及其饮片
1.按药用部位分类 这种分类方法便于对中药商品的鉴定、经营管理和贸易，一般归纳为植物药、动物药和矿物药3大类。植物药类可按药用部位分为根及根茎、茎、木、树皮、叶、花、果实、种子、全草、藻菌和地衣、树脂等类别。动物药类可分为骨骼、昆虫、贝壳、分泌物、角、排泄物等类别。矿物药类一般不再分类。
2.按药材基源自然属性或分类系统分类 采用这种分类方法，便于对药材的品种鉴定，也利于根据植物、动物的亲缘关系去开发和研制新药。如《神农本草经集注》按药物的自然属性分为玉石、草木等7类。《本草纲目》则将药物分为水、火、土、金等16部，以部为纲，部下又分60类。
3.按药材的性味和功效分类 这种分类方法便于临床用药。如分为辛味药、酸味药，或寒性药、热性药，或解表药、清热药等等。或按中药的性能分为上、中、下三品。
4.按药材所含的主要化学成分分类 这种分类方法便于研究中药的活性成分(active constituent)及其药理作用，便于通过对中药所含化学成分的研究去寻找生物合成的途径和理化分析方法。动、植物药可分为生物碱类、苷类、蛋白质类等等。矿物药可按所含的阳离子或阴离子的种类来分类。
5.以药名汉字首字笔画为序或汉语拼音字母顺序分类 此种分类方法多在中药的书籍中采用，便于学习和查阅。
(二)中成药
中成药与中药材及饮片的分类方法有所区别，常用的分类方法如下：
1.按剂型分类 此种分类方法便于中成药的研究、生产、检验、贸易、运输和贮藏等。如丸剂、片剂等。
2.按主要功能和临床用药分类 此种分类方法便于调剂、零售和临床用药。如补益剂、发表剂等。也有以病名按门分类的。