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中药的名称应含意确切、科学性强、体现中医药特色，有利于临床应用、商品贸易(merchandise trade)和经营管理。中药名称不规范，是造成中药市场品种混乱的主要因素之一，故应对中药的命名方法和名称进行规范化(standardization)整理，尽量达到一药一名。
(一)中文名称
1.中药材
(1)根据药材的产地或集散地命名 如巴豆产四川(古代巴蜀)，秦艽产于陕西、甘肃(古代秦国)，皆因产地而得名。中药因产地不同，其质量差异很大，为了强调临床用药的佳品，常在中药名前冠以地名，以示优质(道地)，如川黄柏、川芎、怀牛膝等。
(2)根据药材形状命名 如钩藤是因为茎枝上有弯曲的钩，故名。
(3)根据药材的颜色命名 丹参因其根皮色紫红、紫草因其色紫、玄参因其色黑而得名。
(4)根据药材的气味命名 五味子因其果皮酸、甜，种子苦、辛又有咸味而取名。苦参因其味极苦，甘草因其味甜，故名。
(5)根据药用植物的生长特性命名 夏枯草因生长到夏至枯萎;款冬花因冬至才开花;半夏指立夏至夏至之间即完成生长周期等。
(6)根据药用部位命名 如桂枝是桂树的嫩枝、鹿角是鹿骨化的角。
(7)根据功效命名 如防风能防治诸风邪、泽泻能渗湿利水肿、远志能益智强志、伸筋草能舒筋通络等。
(8)根据进口药材名的译音命名 如诃子原名"诃黎勒"，产印度、缅甸，音译而来。胡黄连、胡椒均原产印度、尼泊尔等国，其胡字是印度番语之意。
(9)根据人名命名 如何首乌、刘寄奴、杜仲、徐长卿、使君子等都是以纪念最早发现此药的人而得名。
(10)根据传说故事而命名 如牵牛子、女贞子。
2.饮片
临床上直接使用新鲜药材加工的饮片，常在药材名称前冠以“鲜”字，如鲜石斛。一般生用的饮片，使用原药材名称。具有毒性或生熟品功效差异较大时，在生品的药材名字前常加生字，以引起注意，如生川乌。炮制品常在药材名字前冠以炮制的方法、辅料的名称或缀以炮制后的形态，如煅赭石、巴豆霜、当归片、酒白芍等。
3.中成药
中成药的名称，一般均用药名加制剂名称组成，其命名的形式主要有以下几类：单味药制剂，一般采用药材的名称，如三七片。复方(compound recipe)制剂，常使用处方中主要药物的缩写名，如香连丸。用君药或在君药前冠以复方二字命名，如天麻丸、复方丹参片。用君药名称、方剂中药味的数量或主要功能命名，如龙胆泻肝丸、六味地黄丸。根据处方中药物之间的剂量比例或剂量限度命名，如六一散等。用君药和服用方法结合，如川芎茶调散。用有效成分命名，如齐墩果酸片。用成方的原始文献与主要功能结合命名，如金匮肾气丸等。用成方创始人名或与君药、主要功能结合命名，如万氏牛黄清心丸等。药名前冠以产地，如云南白药等。用成药的性状命名，如紫金锭、一捻金等。用中医术语或主要功能、主治命名，如利胆片等。用假借或比喻的方法命名，如二仙膏等。
(二)拉丁文名称
为了使中药的名称统一化、规范化，有利于国际贸易和交流，可使用拉丁文名称。命名的基本格式为：药用部位或剂型名(名词主格)加药名(名词属格)。即药用部位或剂型名用名词单数主格形式位于前，药名用名词单数属格形式置于后，当然也有例外。其中药名通常使用药用动、植物的学名(scientific name)或原矿物的拉丁名等，亦有使用汉语拼音的和俗名的。中药拉丁名(Latin name of Chinese materia medica)中的名词和形容词第一个字母均大写，连词和前置词一般均小写。命名的基本方法如下：
1.植物类药材的命名
(1)药用部位名加植物学名的属名 例如：杜仲Cortex Eucommiae等。
(2)药用部位名加植物学名的种加词 例如：人参Radix Ginseng等。
(3)药用部位名加植物的种名 例如：当归Radix Angelicae Sinensis等。
(4)药用部位名加植物学名的属名或种名，再加形容词 形容词置于后，与所修饰的药用部位名保持性、数、格一致，例如：豆蔻Fructus Amomi Rotundus(近圆形的)，附子Radix Aconiti Lateralis(侧边生的)Praeparata(制备的)等。
(5)药用部位名加植物学名的属名、前置词短语 此种方法也用来说明药材的特征、性质。其中前置词in(在……内，呈……状)和cum(含，带，同)所组成的前置词短语置于后。例如：竹茹Caulis Bambusae in Taeniam(呈带状)，钩藤Ramulus Uncariae cum Uncis(带钩状)等。
(6)药用部位名加药用部位名、植物学名的属名，或药用部位名加植物学名的属名、植物学名的属名 此种方法用于药材的药用部分为同种植物的不同部位，或药材来源于2个不同属的植物。例如：大黄Radix et Rhizoma Rhei，马勃Lasiosphaera seu Calvatia等。
(7)仅用植物学名的属名或种加词、或药用部位名加俗名作为药材拉丁名 此种方法遵循的是习惯用法，有些是国际通用名称，仅用于少数药材。例如：冬虫夏草Cordyceps，牡丹皮Cortex Moutan等。
2.动物类药材的命名 动物类药材命名主要有以下几种情况。药用部位名加动物学名的属名：如牛黄Calculus Bovis。药用部位名加动物的种名：如羚羊角Cornu Saigae Tataricae。加工品名加药用部位名、动物学名的属名或种加词：其中加工品用名词主格，药用部位名、动物学名的属名或种加词都用名词属格，如阿胶Colla Corii Asini。药用部位名加动物学名的属名和形容词：如鹿茸Cornu Cervi Pantotrichum(具茸毛的)。动物学名的属名加形容词：如金钱白花蛇Bungarus Parvus(幼小的)。药用部位名加动物学名的属名、属名或属名加属名：如蛤壳Concha Meretricis seu Cyclinae、土鳖虫Eupolyphaga seu Steleophaga。仅用动物学名的属名或种加词：如蕲蛇Agkistrodon、蛤蚧Gecko。仅用动物的俗名：如蜂蜜Mel，全蝎Scorpio。
3.矿物类药材的命名
(1)用矿物所含的主要化学成分的拉丁名或化学成分拉丁名加形容词 例如：芒硝Natrii Sulfas，玄明粉Natrii Sulfas Exsiccatus(干燥的)。
(2)用原矿物的拉丁名 例如：炉甘石Calamina。
4.中成药的命名 根据《中华人民共和国药典》(pharmacopeia of the P. R. C)中的中成药拉丁名归纳如下。剂型名加主要原料药学名的属名：如远志酊Tinctura Polygalae。剂型名加主要原料药学名的种加词，如颠茄浸膏Extractum Belladonnae。剂型名加主要原料药的种名，如刺五加片Tabellae Acanthopanacis Senticosi。剂型名加主要原料药学名的属名和形容词，如复方甘草片Tabellae Glycyrrhizae Compositae(复方的)。剂型名加药材拉丁名，如满山红油滴丸Pilulae Oliei Phododendri Daurici。使用中成药中文名称的汉语拼音，如冠心苏合丸Guanxin Suhe Wan。