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申请者需要登上国家药品监督管理局网上办事大厅（网址是：https://zwfw.nmpa.gov.cn/web/index），点击标题栏上的其他，点击全国执业药师注册管理信息系统中的在线办理按钮，办理注册。
执业药师注册的设定根据主要是：
1.《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》（国务院令第412号）对确需保留且符合《中华人民共和国行政许可法》第十二条规定事项的行政审批项目，根据《中华人民共和国行政许可法》第十四条第二款的规定，现决定予以保留并设定行政许可，共500项。第355项，执业药师注册。
2.《国务院办公厅关于全面实行行政许可事项清单管理的通知》（国办发〔2022〕2号）第950项，执业药师注册。
3.《执业药师职业资格制度规定》（国药监人〔2019〕12号）第十一条 执业药师实行注册制度。国家药监局负责执业药师注册的政策制定和组织实施，指导全国执业药师注册管理工作。各省、自治区、直辖市药品监督管理部门负责本行政区域内的执业药师注册管理工作。
4.《执业药师注册管理办法》（国药监人〔2021〕36号）第四条 国家药品监督管理局负责执业药师注册的政策制定和组织实施，指导监督全国执业药师注册管理工作。国家药品监督管理局执业药师资格认证中心承担全国执业药师注册管理工作。各省、自治区、直辖市药品监督管理部门负责本行政区域内的执业药师注册及其相关监督管理工作。
近些年来国家对执业药师更加重视，执业药师从业人员全都要求进行信息注册，以便统一管理以及政策通知。
执业药师证书注册办理的环节包括：申请人进行注册申请-注册机构接受并办理-审核申请资料-复审申请-准许决定签发注册证书-送达证书。
执业药师的首次注册、延续注册、注销注册在20个工作日之内可以完成，变更注册在7个工作日以内可以完成。考生在申请注册时，需要依照规定的程序，提交相应的资料，才能完成注册。