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申请人可以进入国家药品监督管理局网上办事大厅（网址是：https://zwfw.nmpa.gov.cn/web/index），选择标题栏里的其他，选择全国执业药师注册管理信息系统中的在线办理选项，办理注册。
执业药师注册的设定依据主要是：
1.《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》（国务院令第412号）对确需保留且符合《中华人民共和国行政许可法》第十二条规定事项的行政审批项目，根据《中华人民共和国行政许可法》第十四条第二款的规定，现决定予以保留并设定行政许可，共500项。第355项，执业药师注册。
2.《国务院办公厅关于全面实行行政许可事项清单管理的通知》（国办发〔2022〕2号）第950项，执业药师注册。
3.《执业药师职业资格制度规定》（国药监人〔2019〕12号）第十一条 执业药师实行注册制度。国家药监局负责执业药师注册的政策制定和组织实施，指导全国执业药师注册管理工作。各省、自治区、直辖市药品监督管理部门负责本行政区域内的执业药师注册管理工作。
4.《执业药师注册管理办法》（国药监人〔2021〕36号）第四条 国家药品监督管理局负责执业药师注册的政策制定和组织实施，指导监督全国执业药师注册管理工作。国家药品监督管理局执业药师资格认证中心承担全国执业药师注册管理工作。各省、自治区、直辖市药品监督管理部门负责本行政区域内的执业药师注册及其相关监督管理工作。
最近几年来国家对于执业药师更加重视，执业药师从业人员都要进行信息注册，便于统一管理以及政策通知。
执业药师证书注册办理的流程包括：申请人提交注册申请-注册机构接受并处理-审核申请资料-复核申请-许可决定签发注册证书-证书送达。
依据《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》（国务院第412号令），执业药师注册为行政许可事项，依据《行政行政许可法》第五十八条规定，行政机关实施行政许可和对行政许可事项进行监督检查，不得收取任何费用。办理执业药师注册不收取费用。