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1.原料药材
主要指植物类和动物类药材，直接携带多种微生物和螨，且很多药材(如含糖量较高的根茎类药材和脂肪较多的动物类药材)有利于微生物和螨的生长繁殖。
2.辅料
如水、蜂蜜、淀粉等常用辅料均存在一定数量的微生物。
3.制药设备
如粉碎机、混合机、制丸机、压片机及各种盛装物料的料桶和器具等均有可能带入微生物。
4.环境空气
空气中有多种微生物存在。
5.操作人员
工人的手、外表皮肤、毛发及穿戴的鞋、帽和衣服上都带有微生物。
6.包装材料
玻璃瓶、塑料袋、包装纸等可能带入微生物。
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