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维生素B6主要以磷酸吡哆醛的形式作为辅酶参与近百种酶系的反应，这些酶系大多与氨基酸的代谢有关。故其在氨基酸的合成与分解上起着重要作用。
维生素B6是δ-氨基-酮戊酸合成酶的辅酶。该酶能催化血红素合成;是糖原磷酸化反应中磷酸化酶的辅助因子，能催化肌肉与肝脏中的糖原转化;参与亚油酸合成花生四烯酸以及胆固醇的合成与转运。转自环 球 网校edu24ol.com转自环 球 网校edu24ol.com转自环 球 网校edu24ol.com
维生素B6是转氨酶脱羧酶的辅酶，能影响核酸和DNA的合成。若维生素B6缺乏而影响DNA的合成，继而会影响机体的免疫功能。转自环 球 网校edu24ol.com转自环 球 网校edu24ol.com转自环 球 网校edu24ol.com
维生素B6是胱硫醚酶的辅助因子，这些酶参与同型半胱氨酸到半胱氨酸的转硫化途径。
此外，维生素B6还涉及神经系统中许多酶促反应，使神经递质的水平升高，包括5-羟色胺、多巴胺、去甲肾上腺素、组氨酸和γ-羟丁酸等。