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维生素B6主要在空肠被动吸收。食物中的维生素B6多以5，-磷酸盐的形式存在，吸收速度较慢;经水解为非磷酸化维生素B 6的吸收速度较快。转自环 球 网校edu24ol.com转自环 球 网校edu24ol.com转自环 球 网校edu24ol.com
维生素B6吸收后在肝脏被特殊激酶磷酸化，成为有活性的辅基形式磷酸吡哆醛、磷酸吡哆醇和磷酸吡哆胺。血液和组织中的维生素B6多呈结合型。在体内吡哆醛和吡哆胺可以互相转变。食入的维生素B6，约70%氧化成无活性的代谢物4-吡哆酸，由尿中排出。转自环 球 网校edu24ol.com转自环 球 网校edu24ol.com转自环 球 网校edu24ol.com
维生素B6也可经粪便排出，但排泄量有限。由于，肠道内微生物能合成维生素B6，故难以评价这种排泄的程度。