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众所周知，我们的食物决定我们的健康状况。但事实并不是完全如此――事实上是我们所能够消化和吸收的食物决定了我们的健康状况。食物只有首先被分解成为身体可以吸收的成分，才能够为我们提供营养物质。而这个过程是由酶来完成，酶是消化食物并将大块食物分解为小块颗粒的化合物。在这个过程中，蛋白质被分解为氨基酸;碳水化合物被分解为单糖;脂肪被分解为脂肪酸和甘油。每天会有10升消化液进入消化道，它们主要是由胰腺、肝脏、胃以及肠壁分泌的。
身体需要营养物质来制造这些酶。营养不良会迅速导致酶缺乏(这就意味着身体利用已经摄人的营养物质的能力会下降，从而使酶缺乏加剧――于是形成了恶性循环)。例如，胃酸和可以分解蛋白质的蛋白酶的分泌都需要锌元素。患锌缺乏症的人不能有效地将蛋白质分解，使得较大的食物分子停留在它们本不应该停留的小肠中。如果肠壁有损伤(这是锌缺乏症导致的常见缺陷)，这些未被消化的食物分子就会进入人体内部，并被视为侵略者而遭到攻击。这是大多数食物过敏症的基本原理。
一旦一种食物成为过敏反应的对象，每次进食这种食物的时候，肠道的反应都会导致炎症的发生。这种反应会破坏肠道内有益菌与其他微生物的平衡。如果你患有消化不良、肿胀、肠胃气胀、消化疼痛、结肠炎、肠易激综合症。节段性回肠炎以及念珠菌病，那么由消化酶缺乏引起的食物过敏很可能就是一个致病的原因。
消化酶主要包括消化碳水化合物的淀粉酶、消化蛋白质的蛋白酶和消化脂肪的脂肪酶。许多营养增补剂中都含有这些酶，以辅助消化。冻干的植物酶常用于这个目的。其中最常见的是菠萝中含有的菠萝蛋白酶以及木瓜中含有的木瓜蛋白酶。木瓜蛋白酶的化学特性与胃蛋白酶非常相似，它是一种效力极强的蛋白质消化酶，可以消化相当于自身重量35-100倍的食物。