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肺曲菌病的主要致病菌为烟曲菌，部分致病菌有黄曲菌、棒状曲菌、土曲菌、黑曲菌、构巢曲菌及花斑曲菌等。本病大多数为继发感染，原发者罕见。
肺曲菌病的病因：
最常见的类型是曲菌球。曲菌常寄生于肺结核、肺癌、支气管肺囊肿及结节病等慢性肺部疾病所形成的空腔内。空洞壁和肺组织的周围部分被破坏，肺泡内有嗜酸性无定形物质、红细胞、黄褐色球状物、有隔分支菌丝体、慢性炎细胞浸润和增生的小动、静脉，呈瘤样扩张，无菌丝侵入。
变态反应性支气管肺曲菌病由Ⅰ型和Ⅲ型变态反应的联合作用所致。吸入的短链曲菌孢子存在支气管分泌黏液中，形成菌丝体；其抗原与IgE致敏与肥大细胞发生特异性结合，释放介质，导致支气管痉挛。此外，曲菌抗原与IgG抗体结合形成免疫复合物，在补体参与下导致支气管破坏、扩张和肺纤维化。侵入性肺曲菌病见于慢性消耗性疾病、免疫功能降低、菌群失调的患者中。寄生在上呼吸道内的曲菌侵入肺组织，形成多发性脓肿或肉芽肿，病灶边缘有小动脉栓塞。
曲菌侵经肺血管导致血行播散，可累及全身其他脏器。
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