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按栓子来源分三类：
心源性脑栓塞
是脑栓塞中最常见的，约75%的心源性栓子栓塞于脑部，引起脑栓塞的常见的心脏疾病有心房颤动、心脏瓣膜病、感染性心内膜炎、心肌梗死、心肌病、心脏手术、先天性心脏病(来自体循环静脉系统的栓子，经先天性心脏病如房间隔缺损、卵圆孔未闭等的异常通道，直接进入颅内动脉而引起脑栓塞，为反常栓塞)、心脏粘液瘤等。
非心源性脑栓塞
动脉来源包括主动脉弓和颅外动脉(颈动脉和椎动脉)的动脉粥样硬化性病变、斑块破裂及粥样物从裂口逸入血流，能形成栓子导致栓塞;同时损伤的动脉壁易形成附壁血栓，当血栓脱落时也可致脑栓塞;其它少见的栓子有脂肪滴、空气、肿瘤细胞、寄生虫卵、羊水和异物等。
来源不明
少数病例利用现在检查手段和方法查不到栓子的来源。
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