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无论原发性或继发性免疫不全均常出现消化系统的病变，常见者为粘膜萎缩和继发性感染，导致吸收不良和腹泻，甚至肿瘤。
消化道免疫不全的产生原因：
①肠粘膜微绒毛萎缩引起乳糜泻及吸收不良综合征。
②易引起胃肠道和呼吸道感染，如白色念珠菌和梨形鞭毛虫感染。
③先天性选择性IgA缺乏的病人，胃肠粘膜缺乏成熟的SIgA，不能中和或抑制过敏原的吸收，易发生食物过敏和哮喘。
④肠道抗原吸收过多，易产生嗜异性抗原-抗体复合物，诱发红斑狼疮、干燥综合征、类风湿性关节炎及甲状腺炎等自身免疫性疾病。
消化道免疫不全的产生原因：
⑤致癌性病毒或致癌物质吸收增加诱发胃肠癌、淋巴瘤及肉瘤的发生。
⑥α-重链病是异常的浆细胞对小肠粘膜固有层及肠系膜淋巴结的广泛浸润，引起肠粘膜绒毛萎缩导致吸收不良。
⑦近年来发现的艾滋病(AIDS)，因HTLV-Ⅲ病毒破坏辅助性T淋巴细胞，导致全身和胃肠粘膜的体液和细胞免疫功能丧失，引起感染而发生吸收不良和腹泻。
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