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本病临床表现复杂，因而早期诊断较为困难，易误诊、漏诊。应结合流行病学特点。早期的临床症状和病原学检查综合判断。
1.细菌学检查阳性——确诊。
2.痰菌阴性、X线表现不典型病例，必要时经纤支镜肺活检及经胸壁肺活检。
3.典型继发性肺结核临床症状和胸部X线表现，排除其他非结核肺部疾患，抗结核治疗有效者可以诊断。PPD强阳性反应，血清抗结核抗体阳性，痰或支气管肺泡灌洗液等的PCR阳性，或肺外组织病理证实结核病变，均可作为诊断参考。
4.非结核分枝杆菌肺病在临床症状、X线表现上与肺结核相似，涂片检查也难以区别，只能依据菌种鉴定来鉴别。
5.合并症常见有结核性胸膜炎、气胸、细菌感染，慢性纤维空洞患者可继发曲菌感染等。
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