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1.遗传基因异常
(1)性染色体隐性遗传(XL)。
(2)常染色体隐性遗传(AR)。
2.中枢免疫器官发育障碍
可因遗传缺陷所致。
3.免疫细胞内在缺陷
多由先天酶缺陷引起，如ADA(腺苷脱氨酶)、PNP(嘌呤核苷磷酸化酶)、G～6～PD(葡萄糖6磷酸脱氢酶)的缺乏，很多参加检验技师考试的学员，就是因为对这些缩写没有概念才丢失了很多的分数。
4.免疫细胞间调控机制异常
调控机制异常，如辅助不足或抑制过剩，均可导致免疫缺陷。
5.继发性免疫缺陷
常因感染、物理、化学等因素而引起。
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