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在招标投标中，投标保证金是约束投标人行为，保障招标人合法权益的重要设定。但在具体实施中却因法律、法规的不同规定引起困惑。
一、法律法规的相关设定
现行的《招标投标法》没有涉及投标保证金的相关条款。
2003年5月1日起施行的国家七部委第30号令《工程建设项目施工招标投标办法》第三十七条规定“投标保证金一般不得超过投标总价的百分之二，但最高不得超过八十万元人民币” 。
年2月1日起施行的《招标投标法实施条例》第二十六条规定“招标人在招标文件中要求投标人提交投标保证金的，投标保证金不得超过招标项目估算价的2%” 。
为贯彻落实《招标投标法实施条例》(简称《实施条例》)精神，2013年3月11日，国家九部委局第23号令《关于废止和修改部分招标投标规章和规范性文件的决定》，将原国家七部委第30号令第三十七条的相关规定修改为“投标保证金不得超过项目估算价的百分之二，但最高价不得超过八十万元人民币” 。
二、招标实践中的执行情况
作为基层招标投标的交易平台，在2012年2月1日《实施条例》施行前，一直执行国家七部委的第30号令，即投标保证金最高限额80万元人民币。
而在2012年2月1日《实施条例》施行后，就没有最高限额，只按“不得超过项目估算价的2%”来控制，例如一个估算价1亿元的项目，最高可以设定200万元的投标保证金。
2013年，九部委局修改决定颁布后，投标保证金又恢复了最高80万元的限额。
三、关于法律、法规适用问题的探讨
1. 九部委局第23号令在实际执行中碰到的问题。由于23号令限定投标保证金不得超过80万元人民币，2013年通过我区交易平台招标了一个估算价为2.5亿元的政府投资项目，最后评标委员会按顺序推荐了三家中标候选人，按规定排名第一的中标候选人中标，中标额为2.18亿元。但是第一名的中标候选人却编造各种理由拒签合同。最初，相关监督部门非常诧异，后来看到排名第二的中标候选人报价为2.29亿元，二者报价相差0.11亿元，如第二名中标财政需多支付 1100万元，其中缘由不需解释。最后监督部门告知第一中标候选人将会面临记入黑名单并诉诸法律的后果，才同意签订合同。在整个事件处置过程中80万元的投标保证金根本没起到任何作用。而按照《实施条例》这个项目保证金本来可以设定为500万元。
2. 九部委局第23号令和《实施条例》相关规定是否有冲突。表面看九部委局第23号令对投标保证金的规定在《实施条例》的框架内，只是设了一个“最高不得超过八十万元人民币”的上限，但从立法精神上来看，其实并不完全一致，甚至颠覆了《实施条例》的起草精神。按照《实施条例》，一个100亿元的招标项目，可最高设定2亿元的投标保证金，而23号令最高只能设80万元，两者对投标人的约束和对招标采购的保障有云泥之别，为此，建议有关方面引以重视。
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