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最低价中标容易导致采供矛盾。因为最低投标价中标，能定量的只有投标报价是否最低。在目前供大于求的状况下，采购人或采购代理机构要求最低报价为成交供应商的唯一依据。供应商为了谋取项目中标，只能将投标报价压到最低极限。一旦中标，为了完成中标项目，而又要不亏本，供应商就只好在产品质量和服务上打主意了。供应商在想打采购人的主意，而采购人也在提防着供应商，这就埋下了采供双方发生矛盾的种子。有了矛盾的种子，就可能随时发生矛盾，导致采供双方的不愉快合作。
最低价中标向供应商发出了错误的信号。在政府集中采购中，一味地采用最低投标价中标，这样一来，就使供应商以为政府集中采购只注重价格，而不注重质量。因为能来参加投标的供应商，投标的产品不可能是不满足采购需求的，而绝对是完全满足采购人的采购需求的，那确定谁中标，就只剩下“质量、服务和价格”了。目前，“服务”和“质量”难以定性定量，能现场定性定量的就只有价格了。哪个投标报价最低，哪个就中标了。
最低价中标向采购人和集中采购机构暗示要采用定品牌招标，或邀请相等等级的供应商来参加集中采购。因为《政府采购法》第三十八条、第三十九条都明文规定“确定成交供应商的原则是符合采购需求，质量和服务相等且报价最低”。就目前来看，世界上还没有绝对相等的质量和服务。同行业不同等级的服务和质量不一定相等;同产品同型号，不同的厂家生产的，也不一定服务和质量相等;就是同品牌同型号，主厂和分厂生产的，也不一定就服务和质量相等;同品牌同型号同配置、同一厂家生产而价格不一样，服务也不一定相等。所以说要服务和质量大致相等，就只能定品牌、定生产厂家采购，定供应商采购了。
最低价中标容易激化采购当事人之间的矛盾。在当今社会，各种关系错综复杂，相互交织。本来各单位自己出钱进行自己需要的采购，你集中采购机构硬要拿到手中进行操作，采购单位就有意见，只是于法无奈而已。 “我想出钱要好的，你硬要我要价低质量差点的，用不了三天就坏了，我是要找你的。”政府采购市场是企业的一个很大的依托点，是展示企业形象的豪华舞台，赢得社会信任和关注的窗口。“我来投标是想好好展示一下子我们企业的，你硬要最低价才能中标，我们也没有办法，那质量和服务，我们也只能是尽量了，但保证在保质期内没有问题。”纪检监察和政府采购办说“我们只管你们集中采购机构在实施具体采购中的程序和过程、结果是否合法、合规，其他的事我们不好说。”这样，一推让，二埋怨，一个集中采购机构就到了浪尖上了，无法躲闪，成了矛盾的焦点，众矢所的。
最低价中标容易因价格而排斥民族工业。《政府采购法》明文规定要保护民族工业，采购国内产品，这是对的，但又强调低价中标，我们在实际工作中就很难把握了。因为国内企业目前在研发自主知识产品时，必然要花费很大的资本和精力，这样，短期成本就大，价格自然比进口的国外同类产品的价格要略高一些，打价格战处于劣势。一味地强调低价中标，那么国内产品只有排斥在外了。
最低价中标容易导致政府采购从一个极端走向另一个极端。颁布《政府采购法》，成立集中采购机构的初衷是规范政府集中采购行为，控制高价中标的现象。《政府采购法》中规定的五种采购方式，除了“公开招标”和“邀请投标”外，现在在基层大量采用的是“询价”、“竞争性谈判”，而这两种采购方式都规定“最低价中标”。低价中标虽然控制了一些高价中标的现象，但也让采购各方产生了忽视价格以外各方因素的意识，甚至于引导政府集中采购走向另一个极端，背离颁布《政府采购法》，成立政府集中采购机构的初衷，影响政府集中采购的健康发展。