【内容考查】本题主要考查药源性疾病的常用分类方法。【选项分析】A. 正确。按损伤器官系统分类确实包括药源性消化系统疾病、药源性肾损伤等。B. 正确。按病因分类的A型、B型、C型和D型药源性疾病是常用的分类方法。C. 正确。按病理特征分类包括中毒型、炎症型、畸形发育型等多种类型。D. 错误。按发生率分类不仅包括常见和罕见两种，而是参照国际上药品不良反应发生的频率，分为十分常见、常见、偶见、罕见、十分罕见5种类型。E. 正确。按发生率分类确实参照了国际上药品不良反应发生的频率分类标准。因此，正确答案是D选项。