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免疫功能低下为隐球菌发病的重要诱因。环境中的直径小于10μm，像烟雾大小的隐球菌经呼吸道吸入人体，一旦其沉积在呼吸道中，在较高的二氧化碳浓度的影响下，形成明显的多糖荚膜保护层以拮抗宿主的防御机制。在肺组织内形成最初的感染灶，可引起肺门淋巴结肿大，也可以在胸膜下形成小结节，酷似结核分枝杆菌感染。多数健康人感染可以自愈或病变局限于肺部。在免疫功能受损的病人，隐球菌能够进展活动，引起肺炎并经血行播散至全身。由于新型隐球菌对脑膜和脑实质有亲和性，所以中枢神经系统是最常见的受累部位，其他少见的受侵部位有皮肤、骨骼、前列腺、肝、心、眼等。
特征为轻微的炎症反应。早期组织内有大量隐球菌成胶样团块，中性粒细胞减少、不化脓，仅有少数淋巴细胞和组织细胞浸润。晚期病变为肉芽肿，肺部病变偶有干酪样坏死和空洞形成。隐球菌可在脑部冠状切面的灰质部分产生病变，常可引起脑膜脑炎。
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