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造成宝宝便秘的原因有很多，主要有以下几种：
饮食不当
功能性便秘与饮食的关系最为密切。宝宝饮食过细，纤维素摄入不足，对肠壁刺激不够容易导致便秘；高蛋白摄入过量，容易使肠发酵菌相对减少而影响发酵，进而使大便干燥致密；饮食量不足时，由于肠道内残渣较少，腹肌、肠肌张力不足、蠕动无力，也容易引起便秘。
便不规律
由于排便时间不规律且缺乏相关训练，没有形成排便反射，有时虽有排便的感觉，但由于贪玩或其他事情干扰，宝宝可能会有意识地抑制便意，时间一长，肠内排便反射的敏感度降低，大便堆积于肠内，水分被吸收，大便变得干燥，因而不易排出，就形成了所谓的习惯性便秘。
先天性生理及解剖缺陷
有些宝宝出现便秘是由于患有某些先天性疾病，如肠狭窄、肠梗阻、直肠或肛门狭窄、幽门痉挛、先天性幽门狭窄、先天性巨结肠等均可引起便秘。
精神因素
另外，有一些精神上的刺激因素也可引起宝宝出现便秘现象，如生活环境的改变，或者因肛周病变（如肛裂）引起排便疼痛而使孩子惧怕排便，这些都可能导致宝宝出现短期的便秘。