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肛肠疾病的发生是由多种因素造成的，归纳起来可分为内因、外因二大类。
内因：
(1)解剖因素：肛门直肠部有大量特殊性结构，如肛门隐窝、肛门腺、肛乳头、直肠瓣和特殊的血管构造。直肠静脉中缺少静脉瓣，血液易于瘀积。门静脉系和腔静脉系在直肠下端，有许多静脉丛和吻合枝，静脉壁薄弱，对压力的抵抗力减低，直肠粘膜下组织疏松，有利于静脉扩大曲张，容易形成痔。
(2)生理因素：结肠、直肠为运送食物残渣，存留粪便的主要器官，而食物经体内分解吸收后，残渣中常带有大量有害物质，长期滞留在结肠直肠中，可诱发肿瘤(环球网校医学考试网整理肛肠疾病致病因素)。
(3)遗传因素：因遗传基因的缺陷，可产生多发性结肠息肉，p-j综合征(黑色素斑-结肠息肉病)等遗传性肛肠疾病。
(4)胚胎发育异常因素：肛门直肠部是人体在胚胎发育过程中内胚层与外胚层相互融合而成，如发育过程异常，可在肛门直肠部产生许多先天性肛肠疾病，如先天性无肛症、先天性直肠阴道(尿道)瘘、先天性巨结肠等。
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外因：
(1)不良的排便习惯：上厕时下蹲位看书看报，造成下蹲和排便时间延长，容易造成肛门直肠内瘀血而诱发疾病。上厕时吸烟能缓冲大脑的排便反射，极容易造成便秘。排便时用力过猛，一些人不管排便感受是否强烈，盲目不停地猛力努挣，只能使直肠肛门和盆底肌肉增加不必要的负担与局部瘀血，导致疾病发生和发展。
(2)排便异常：腹泻和便秘均是肛肠疾病的重要发病因素。便秘是最大的祸根，直肠内长期滞留有毒物质不仅可诱发直肠癌，且粪便堆积，影响血液循环。用力解出干燥粪块，必然会使肛门承受较大压力，产生瘀血、胀肿、裂口等一系列病理改变。腹泻常是结肠疾病的临床表现，腹泻也能使肛门局部感染机会增多，产生肛窦炎、炎性外痔、肛周脓肿等疾病(环球网校医学考试网整理肛肠疾病致病因素)。
(3)饮食因素：日常生活中，饮食规律或饮食品种难免发生改变，这是很自然的。如食物质量的精粗，蔬菜种类的改变与量的增减，蛋白质、脂肪、淀粉、纤维素等含量的多少，水分摄人情况，都能直接影响粪便成分，引起肛门直肠疾病。长期饮酒或喜食辛辣食品的人，因酒和辛辣物可刺激消化道粘膜，造成血管扩张，结肠功能紊乱，肛肠疾病的发病率明显上升。全国普查资料说明，喜食辛辣者其发病率为61.6%，喜饮酒者其发病率为64.6%，均明显高于总的发病率。
(4)职业性因素：长期站立或久坐。因直立或静坐姿势，肛门直肠居人体下部，痔静脉回流不畅。
(5)慢性疾病：如长期营养不良，体质虚弱，引起肛门括约肌松弛无力。长期患慢性支气管炎、肺气肿，由咳喘造成腹压上升，盆腔瘀血。慢性肝炎、肝硬变、腹泻、结肠炎等均是肛肠疾病发生的诱因。故在预防中应注重病人的全身状态，采取合理有效的预防措施。
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