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组织中常用的部门划分方法有人数划分法(如军队中各级作战单位的设置等)、时间划分法(如生产企业中早、中、晚班的设置)等多种方法。但工程项目组织管理中常用的部门划分方法主要有职能划分法、程序划分法、业务划分法、区域划分法等。
在工程项目管理当中，既有单一的项目管理，也有多项目管理的情况。部门划分方法往往既存在于单一的项目管理，也可能存在于多项目管理。
1.职能划分法
职能划分法就是以组织中的主要职能为划分基础，将相同性质的职能置于同一部门内，由该部门负责组织内这一职能的执行。例如，内设经营部、财务部、行政部、技术经济部、基础设施部等。
职能划分法有利于提高组织的专业化程度，提高管理人员的技术水平，但可能使项目人员缺乏总体眼光，不利于高级管理人员与项目运作人员的培养。
对于单一项目的项目公司，其内部可以按职能划分法来进行管理，对于一个大型公司管理不同的项目有时也会按这种划分法来设置部门。
2.程序划分法
程序划分法就是以组织内的主要工作程序为划分基础，将程序划分成可识别的若干个阶段，每个部门负责完成一个或几个阶段的工作。例如工程项目管理公司部门划分：市场开发部、项目设计部、施工管理部、维修检查部等。
程序划分法有利于专业人员的培养和作用的发挥，但各部门之间容易出现衔接问题，需要有一个部门或小组去进行协调与组织。
3.业务划分法
业务划分法，就是按业务序列进行部门划分，即把完成相同或相近专业的项目划人一个部门当中，例如水电项目部、电子项目部、农林项目部等。这种分类方法也可能是按某具体项目进行划分，例如X X机场监理部、X X高速公路建设管理部等。
按业务划分法设立部门有利于发挥专业人员的专业特长，有利于培养项目管理人员的项目分析与管理能力，不足是对于各部门都需要的一些专业，如技术经济专业、财会专业、信息管理、法律等人员整体需要量大，但这些人员在某一具体部门的工作量又往往不够饱满，造成人力资源的浪费。
这种划分方法往往是一个多项目的管理公司，如咨询公司、专业项目管理公司等。
4.区域划分法
区域划分法是根据项目组织所在的不同地理位置或不同地理位置来源设立组织部门的方法。按区域划分法有利于根据不同地区的经济特点、民族风俗习惯、当地政策、法律环境、语言环境等来开展工作，因此对于业务范围在地域上分布较广，业务量集中在某几个地区的管理组织来说这种划分方法是适宜的。
有时工程项目是一个项目群时也用这种划分方法，如全国粮食储备库建设项目，有关单位就设立了不同区域的管理部门。
需要注意的是，实际工作中，往往不是按一种方法来划分设立部门，而是按两种甚至是三种或多种方法划分设置部门。例如，有的咨询公司设立化工项目部、纺织项目部、财务管理部、北欧项目部等。
