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在信息化项目的组织管理上，一把手工程是最受关注的。在CIO工作机制建立之后，这种关于一把手工程的讨论应该不再成立，CIO这个职位本身就意味着企业的整个信息化工作已经全盘地一把手化了。CIO在全权负责推动信息化项目时，取得成功的关键是与业务部门的负责人有良好的沟通。
在信息化项目中比较典型的组织结构中后包含业务决策人、信息化老师以及应用部门的成员。成员的多层次特点比较突出，扁平化的组织结构既得益于信息技术的发展，信息化项目也就更要充分地运用到这一点，项目管理的这种信息交流和决策机制也就自然能延续到项目实施之后，成为进行业务流程重组的基础。
信息化项目的组织结构，应该能够反映出外来企业的一种发展趋势，CIO需要注意到把组织结构、人际关系、决策过程、合作模式都推广到企业的日常运作之中，为企业的构造未来型、和学习型的模式，培养出新型人才。
理想的信息化项目实施过程，应该充分地把信息化技术所表现出来的信息共享性、决策快捷性都体现出来，使参与者能够身受感同。而信息化给企业带来的学习挑战，也是项目组织需要面对的，可以说信息化项目的组织过程，是企业业务发展调整的缩影。
信息化项目的一个特点是需要大量投资，从规划预算到具体项目的投资都需要多方面的参与才能最好决定，一些喜好于建立社会关系的人也喜欢找到机会参与信息化项目，也不排除他们带有个人目的来参与项目。因此，在信息化项目的管理中，决策过程的规范、科学非常重要，严谨的管理过程同样需要CIO来制定和把握。
需要注意的是在项目启动时便需要定义要工作过程，特别是决策过程。这样可以排除项目过程中来自各方面的干扰，在金字塔的管理体系中，比较容易出现把决策上推的现象，一些鸡毛蒜皮的事情也会占用高层的时间，信息化项目组织的扁平化，决策过程也应该放到各个节点上，以保证高效、科学。
信息化管理在企业运作中会占据越来越重要的地位，企业的业务流程会在信息技术的支持下改变，业务流程重组的过程会出现新的权力分配，这一点也会反映到信息化项目的决策中来，也会延伸到信息化项目完成之后的日常运行之中。利用信息化项目来建立符合企业需要的决策模式，是CIO在操作信息化项目的一个任务。
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