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不同的信息系统具有不同的业务应用功能，也具有不同的层次结构，但是这些信息系统的结构仍然存在着一定的共性。根据系统的组成特点和逻辑功能划分，信息系统一般具有一个如下的层次结构：
1.安全系统
安全系统是充分采用各类安全技术和防护手段综合构成的，包括：信息加密、公钥基础设施(PKI)、访问控制、身份验证、入侵监测、病毒防护、物理隔离等多种技术手段，为信息系统提供安全保障，并最终为信息系统提供各种安全性的应用服务。安全系统是建立一个高可靠的信息系统的必要条件。
2.系统管理
系统管理涉及网络基础设施、应用支撑系统、业务应用系统各个层面的技术和运行管理。对于信息系统来说，没有科学的系统管理措施，信息系统不可能得到可靠地运行。系统管理主要包括三个方面的内容：配置管理、变更管理、资源管理。
3.业务应用层
业务应用层是在应用支撑层上加载和运行的一系列业务应用系统。由于信息系统服务目标的差异，业务应用系统的界面、功能和性能存在较大的区别。这些业务应用系统可能是公文处理系统、视频会议系统、决策支持系统、网上办公系统、咨询业务管理系统、客户关系管理系统等。不论这些业务应用系统的特性如何，他们都应该满足系统用户的实际需求，否则就无法发挥应有的作用。
4.应用支撑层
应用支撑层是面向各个具体的业务应用，构建在网络基础层以及安全系统基础之上，提供承载最终业务应用的支撑。应用支撑层至少可以包含数据库管理系统、操作系统及中间件等。数据库管理系统为信息的存储、检索和管理提供了基础性平台;操作系统为实现信息系统各项资源的管理提供重要手段;中间件是在计算机硬件和操作系统之上，支持应用软件开发和运行的系统软件，它能够使应用软件相对独立于计算机硬件和操作系统平台，为当今的大型分布式应用搭起了一个标准的、开放的平台，把分散的系统和技术组合在一起，实现大型应用软件系统的集成。
5.网络基础层
网络基础层主要为信息传递和资源共享提供高速、方便的信息通道。它不仅包括传输系统和硬件资源系统，而且也包括硬件资源的管理系统。
6.基础环境层
基础环境层为信息系统的运行提供一个可靠的物理环境，具体包括综合布线系统、机房系统和部分智能建筑系统等。
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