选项A，非企业合并方式下取得长期股权投资，支付的手续费等直接相关费用计入长期股权投资的初始投资成本；选项B，以发行债券的方式取得子公司股权时，债券的发行费用记入“应付债券——利息调整”科目，不计入长期股权投资的初始投资成本；选项C，以定向增发普通股的方式取得联营企业股权时，普通股的发行费用应冲减“资本公积——股本溢价”，不足冲减的，依次冲减盈余公积和未分配利润，不计入长期股权投资的初始投资成本；选项D，企业合并方式取得子公司股权时，支付的审计、法律服务、评估咨询等中介费用计入管理费用。