本题考查驰名商标的保护原则和保护程序。

A选项错误，错在主动。依据《商标法》的相关规定，我国对驰名商标遵循个案认定、被动保护、按需认定的原则。

B选项错误。《商标法》第十四条第四款规定，在商标民事、行政案件审理过程中，当事人依照本法第十三条规定主张权利的，最高人民法院指定的人民法院根据审理案件的需要，可以对商标驰名情况作出认定。

C选项错误。由于驰名商标认定只是一种特殊救济形式，在涉及驰名商标保护的民事纠纷案件中，人民法院对于商标驰名的认定，仅作为案件事实和判决理由，不写人判决主文，以调解方式审结的，在调解书中对商标驰名的事实不予认定。

D选项正确。在商标注册审查、行政机关查处商标违法案件过程中，当事人依照《商标法》第十三条规定主张权利的，国家知识产权局根据审查、处理案件的需要，可以对商标驰名情况作出认定。

故本题选择D选项。