本题考查耕地占用税的税收优惠。

军事设施占用耕地免征耕地占用税，故A项错误；

航道占用耕地减按每平方米2元的税额征收耕地占用税，故B项正确；

农村居民占用耕地新建住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税，故C项正确；

学校占用耕地免征耕地占用税，故D项错误；

国家机关占用耕地新建办公楼应照章征收耕地占用税，故E项错误。

故此题正确答案为BC。

【思路点拨】总结耕地占用税的两种减征情形：

（1）铁路线路、公路线路、飞机场跑道、停机坪、港口、航道占用耕地，减按每平方米2元的税额征收耕地占用税。

（2）农村居民在规定用地标准以内占用耕地新建自用住宅，按照当地适用税额减半征收耕地占用税；其中农村居民经批准搬迁，新建自用住宅占用耕地不超过原宅基地面积的部分，免征耕地占用税