本题考查预算编制制度。

部门支出预算编制采用零基预算法，部门收入预算编制采用标准收入预算法，A选项错误，D选项正确。

部门预算采取自下而上的编制方式，编制程序实行“两上两下”的基本流程，B选项错误。

部门预算既包括基本支出预算，也包括项目支出预算，C选项错误。

D说法正确，ABC均存在说法错误。

故此题正确答案为D。

【思路点拨】

部门预算采取自下而上的编制方式，编制程序实行“两上两下”的基本流程。

①“一上”就是部门编制部门预算建议数，上报同级财政部门；

②“一下”就是财政部门对各部门上报的预算建议数审核、平衡后，汇总成本级预算初步方案报同级政府，经政府批准后向各部门下达预算控制限额；

③“二上”就是各部门根据财政部门下达的预算控制限额，编制部门预算草案上报同级财政部门；

④“二下”就是财政部门在对各部门上报的预算草案审核后，汇总成本级预算草案和部门预算草案，报经政府审批后，提交本级人民代表大会审议，并在本级人民代表大会批准预算草案后一个月内向本级各部门批复预算，各部门应当在财政部门批复本部门预算之日起15日内批复所属各单位的预算，并负责具体执行。