考查预算编制制度

部门收入预算编制采用标准收入预算法，部门支出预算编制采用零基预算法。选项A说法错误。

部门预算采取自下而上的编制方式，编制程序实行“两上两下”的基本流程。选项B说法错误。

财政部决定从2011年1月1日起，将按预算外资金管理的收入（不含教育收费）全部纳入预算管理。选项C说法错误。

建立部门预算制度的重要意义包括：①实行综合预算，统一了预算分配权，实现了预算编制的统一性，增强了预算的透明度，提高了预算分配的规范性和完整性；②通过加强结余资金管理、引入绩效评价等，增强了预算管理的科学性，提高了财政资源配置效率和财政资金使用效益；③确立了部门作为部门预算主体的地位，承担着预算管理责任，部门财权与事权相结合，有利于提高政府宏观调控和各部门统筹安排资金的能力，有利于推动部门和行业事业发展；④预算从基层编起，经过部门审核汇总、财政综合平衡，再报政府审定、人民代表大会审批，使预算形成的链条更加严密，增强了预算决策的科学化和民主化，预算法治性约束大大增强，有效地规范了政府的管财行为、财政的理财行为和部门的用财行为。选项DE说法正确。

本题答案为DE。