投资基金评估的基本特点是：(1)投资基金评估是对基金资产净值（份额）的评估，是指通过对基金所拥有的全部资产及全部负债按一定的原则和方法进行估算，进而确定基金资产价值的过程（C选项和D选项错误）；(2)投资基金净值不仅仅为基金资产的价值减去基金负债的价值，还应扣除对应的管理费和管理人对应的超额收益( A选项和B选项正确)；投资基金的价值评估是建立在底层资产估值的基础上，底层资产包括货币、股票、债券、股权、其他衍生品等，在评估时要尽可能穿透底层，对底层资产进行分析，评估其价值（E选项错误）。